水路交通虚拟仿真实验教学中心实行主任负责制，接受学校教务处下达各相关专业的虚拟实验任务，通过高度开放的网络管理系统，接受学生选课预约，由3个虚拟仿真平台具体组织实施教学过程，中心负责虚拟教学系统的开发及日常维护。管理体系如下图所示:

根据水路交通运输学科特点和人才培养需求，中心分为船舶建造、船舶驾驶和港口物流三个虚拟仿真实验平台。其中船舶驾驶分中心分为航海和轮机两个方面，该三个分中心分别面向水路交通不同方向的相关专业。

实验教学指导委员会是由所服务专业的学院即交通学院、能源与动力学院、物流学院、航运学院专家及教授组成，该委员会将对实验教学中心的重大方向性问题，如实验体系建设和改革、实验教学内容与方法改革等提出指导性意见。

实验教学中心实行主任负责制，主任主持全面工作，中心设主任1人，虚拟实验教学指导委员会主任1人，副主任3人，负责实验教学中心的日常管理、实验室建设、实验教学的组织工作。

在实际运行中，将充分运用现代网络系统的优势，实施跨学科、跨专业、跨平台的开放运行模式，实现我校水路运输相关学科虚拟教学、资源的有效整合和高效利用。

在虚拟仿真教学实验的管理方面，虚拟仿真实验教学中心通过政策激励，使大量教师加入到实验室的教学体系中，通过制度对教学中心的教师进行工作绩效考核，对中心的经费使用进行严格管理，同时通过制度保障中心的可持续发展。